私は自営業者です。事故で休業しているのですが、確定申告をしていないため、保険会社から休業損害は出ないと言われてしまいました。休業損害は諦めなければならないのですか。

休業損害とは、事故前の収入と、事故後の収入を比べて、事故後に減収がある場合、それを埋め合わせるための賠償です。事故前後の比較は、原則として確定申告書などの公的資料で行いますので、確定申告をなさっていないというのは、不利なスタートだと言わざるを得ません。
ただし、預金口座の出入金記録などで事故前後の収入状況の比較ができる場合、休業損害の請求ができますので、あきらめずにご相談ください。