まず、自賠責保険会社が行います（実際には、損害保険料率算出機構が認定作業をします）。
自賠責保険によって認められない場合は、その結果に対して不服があるとして、調停機関である紛争処理機構に申立をすることができます。
最終的には、相手方に対して裁判を提起し、その中で、後遺障害について主張し、裁判所に認めてもらうことも可能です。ただし、実際上は、裁判所は自賠責の認定に追従することが多くありますから、まずはきちんと自賠責の認定を受けることが大切です。

実費がかかります。主な項目として、印鑑証明書取付け費用、荷送料があります。

異議申立をした際の認定機関は、一回目の後遺障害認定を行った上層機関が審査し、認定します。

2～３か月の場合が多いですが、傷病によっては、半年以上要することもあります。

異議申立のメリット
　・適切な判断がなされ、認定が覆る可能性があること
　・何度でも申立ができること
異議申立のデメリット
　・判断結果の回答があるまで数か月の期間を要すること
紛争処理機構のメリット
　・適切な判断がなされ、認定が覆る可能性があること
紛争処理機構のデメリット
　・判断結果の回答があるまで数カ月の期間を要すること
　・一度きりしか申請できないこと

諦めず、訴訟を起こしましょう。
ただし、訴訟提起のメリット・デメリットにも充分注意しましょう。

紛争処理への申請は、一度きりしかできません。紛争処理機構の判断に対して納得がいかない場合は、裁判を起こす方法が考えられます。

何度でもできます。しかし、損害賠償請求権の時効には注意しましょう。

自賠責保険・共済の保険金又は共済金の支払いで、被害者や保険・共済の加入者と保険会社・共済組合との間で生じた紛争に対して、的確な解決を目指して公平な調停を行う機構です。
もっとも、国が運営しているわけではなく、厳密な意味で「公平」といえるかは、疑問と言わざるを得ません。

紛争処理機構に異議を申し立てることができます。また、裁判で訴える方法もあります。なお、再度異議申立すること自体は禁止されているものではありません。

もう1度審査してもらうよう、自賠責に対して異議申立をする方法が一般的です。他にも、紛争処理機構への申立てをすることや、訴訟を提起して後遺障害による損害賠償請求をすることが考えられます。